|
|
| BIY4032 | Biyoinformatik | 3+0+0 | AKTS:5 | | Yıl / Yarıyıl | Bahar Dönemi | | Ders Duzeyi | Lisans | | Yazılım Şekli | Seçmeli | | Bölümü | BİYOLOJİ BÖLÜMÜ | | Ön Koşul | Yok | | Eğitim Sistemi | Yüz yüze , Grup çalışması | | Dersin Süresi | 14 hafta - haftada 3 saat teorik | | Öğretim Üyesi | Dr. Öğr. Üyesi Fulya AY | | Diğer Öğretim Üyesi | Dr.Öğretim Üyesi Ali Osman BELDÜZ | | Öğretim Dili | Türkçe | | Staj | Yok | | | | Dersin Amacı: | | Bu dersin temel amacı öğrencilere ilgili konuların temel kavram ve ilkelerini güncel yöntem ve bilgileri kullanarak kazandırmaktır. |
| Öğrenim Kazanımları | PÖKK | ÖY | | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler : | | | | ÖK - 1 : | DNA dizini bilgilerinin nasıl elde edildiğini, toplandığını, düzenlendiğini, yönetildiğini ve gruplandığını anlamalı | 4,9 | 1,3,4,5 | | ÖK - 2 : | biyolojik bilgilere ulaşabilmek için,standart biyoinformatik araçları kullanabilmeli | 4,9 | 1,3,4,5 | | ÖK - 3 : | biyoinformatik programlarında kullanılan algoritmaların teorik temellerini bilmeli | 4,9 | 1,3,4,5 | | PÖKK :Program öğrenim kazanımlarına katkı, ÖY : Ölçme ve değerlendirme yöntemi (1: Yazılı Sınav, 2: Sözlü Sınav, 3: Ev Ödevi, 4: Laboratuvar Çalışması/Sınavı, 5: Seminer / Sunum, 6: Dönem Ödevi / Proje),ÖK : Öğrenim Kazanımı | | |
| Moleküler biyoloji, genetik ve ilgili alanlarda yaygın olarak kullanılan veritabanları, gen ve proteinlerin homoloji araştırmaları, primer tasarımı, moleküler işlemler, restriksiyon haritalaması, yapı tahmini, filogenetik ağaçların oluşturulması. |
| |
| Haftalık Detaylı Ders Planı | | Hafta | Detaylı İçerik | Önerilen Kaynak | | Hafta 1 | Biyoinformatik Biliminin Tanımı ve Kısa Tarihi | | | Hafta 2 | Biyoinformatik Biliminin Tanımı ve Kısa Tarihi- Moleküler Veri Depolama, İşleme ve Analiz İçin Kullanılan Temel Dosya Formatları (Fasta, embl, phylip vs.) | | | Hafta 3 | Moleküler Veri Depolama, İşleme ve Analiz İçin Kullanılan Temel Dosya Formatları (Fasta, embl, phylip vs.) | | | Hafta 4 | Biyolojik veri tabanları (NCBI, embl, ddbj, protein veritabanları vb.) | | | Hafta 5 | Veritabanlarına sekans ekleme ve sekans analizi | | | Hafta 6 | PCR anlatımı ve primer dizaynı, FastPCR, oligo analyzer programları | | | Hafta 7 | Metabolik yolaklarla ilgili veritabanları (KEGG, MetaCyc, vb.) | | | Hafta 8 | Blast programı kullanımı | | | Hafta 9 | Arasınav | | | Hafta 10 | Öğrenci seminerleri | | | Hafta 11 | Öğrenci seminerleri | | | Hafta 12 | SnapGene programı | | | Hafta 13 | Clustal W, Omega ve Dizi hizalama | | | Hafta 14 | Bioedit ve Mega programı, filogenetik ağaç çizme | | | Hafta 15 | Signal P ve protein veritabanları | | | Hafta 16 | Dönem sonu sınavı | | | |
| 1 | Bioinformatics For Dummies, 2nd EditionBy Jean-Michel Claverie, Ph. D., Cedric Notredame, Ph.D. December 2006, 436pp, ISBN: 978-0-470-08985-9, JOHN WILEY. | | | 2 | Lecturer Notes | | | |
| 1 | Bioinformatics: A Biologist's Guide to Biocomputing and the Internet, January 2000, Hardcover, 200pp, ISBN: 188129918X, Eaton Publishing Company/Bio Techniques Boks. | | | |
| Ölçme Yöntemi | | Yöntem | Hafta | Tarih | Süre (Saat) | Katkı (%) | | Arasınav | 9 | 15/04/2024 | 60 | 30 | | Sunum | 11 | 29/04/2024 | 30 | 20 | | Dönem sonu sınavı | 16 | 03/06/2024 | 50 | 50 | | |
| Öğrenci Çalışma Yükü | | İşlem adı | Haftalık süre (saat) | Hafta sayısı | Dönem toplamı | | Yüz yüze eğitim | 3 | 14 | 42 | | Sınıf dışı çalışma | 3 | 14 | 42 | | Laboratuar çalışması | 0 | 0 | 0 | | Arasınav için hazırlık | 2 | 7 | 14 | | Arasınav | 2 | 1 | 2 | | Uygulama | 2 | 1 | 2 | | Klinik Uygulama | 0 | 0 | 0 | | Ödev | 0 | 0 | 0 | | Proje | 3 | 7 | 21 | | Kısa sınav | 0 | 0 | 0 | | Dönem sonu sınavı için hazırlık | 5 | 2 | 10 | | Dönem sonu sınavı | 0 | 0 | 0 | | Diğer 1 | 3 | 5 | 15 | | Diğer 2 | 2 | 1 | 2 | | Toplam Çalışma Yükü | | | 150 |
|